Linha de Pesquisa I: Conhecimento da Biodiversidade:
Nessa linha de pesquisa serão desenvolvidos projetos que visam o conhecimento da biodiversidade amazônica nos seus mais variados aspectos, entre eles:
análises taxonômicas e filogenéticas;
estimativa da biodiversidade;
estudos sobre diversidade das paisagens;
morfologia, reprodução e comportamento das espécies;
interações entre as espécies nos ecossistemas;
valorização da biodiversidade etc.
Linha de Pesquisa II: Conservação e Uso Sustentável da Biodiversidade
Nessa linha de pesquisa serão desenvolvidos projetos que visam a conservação e o uso sustentável da biodiversidade amazônica nos seus mais variados aspectos, entre eles:
análise da diversidade genética das populações das espécies amazônicas por meio de marcadores clássicos e moleculares;
conservação de germoplasma "in situ" e "ex situ";
micropropagação vegetal;
reprodução de animais silvestres;
recuperação de áreas degradadas;
desenho e implantação de sistemas agroflorestais etc.
Linha de Pesquisa III: Bioprospecção e Desenvolvimento de Bioprocessos e Bioprodutos
Nessa linha de pesquisa serão desenvolvidos projetos que visam a bioprospecção e o desenvolvimento de bioprocessos e bioprodutos, nos seus mais variados aspectos, entre eles:
análise da composição química das espécies;
desenvolvimentos de bioensaios clássicos e modernos;
desenvolvimentos de bioensaios clássicos e modernos;
desenvolvimento de tecnologias de produção de enzimas industriais;
análises toxicológicas, ensaios pré-clinicos e clínicos;
escalonamento de bioprocessos;
aprimoramento dos marcos regulatórios referentes a acessos propriedade intelectual e uso sustentável da biodiversidade etc.