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Única do estado do Tocantins, a Coleção de Paleontologia da UFT está inserida no Laboratório de Paleobiologia (LPB) do Câmpus de Porto Nacional. Seu acervo é variado e possui cerca de 2.100 peças fósseis catalogadas em livro tombo, com a perspectiva de informatização.
Inclui representação de grupos de vertebrados, invertebrados e plantas, além de material palinológico e lâminas delgadas de lenhos fósseis. Os fósseis provêm, em sua maioria, do Tocantins, mas há também peças oriundas de outros estados, como Ceará (Chapada do Araripe), Rondônia, Rio Grande do Sul, Minas Gerais e São Paulo.